Os bolsistas parciais do ProUni fazem jus, automaticamente, ao financiamento de 50% (cinqüenta por cento) dos encargos educacionais efetivamente cobrados pela instituição de ensino superior dos bolsistas do ProUni, referidos no art. 1º, I e II da Portaria, nº 2729, de 08/08/2005 de forma a perfazer 25% (vinte e cinco por cento) dos encargos educacionais totais, a partir do semestre em que forem beneficiados com a bolsa, observado o disposto no art. 18, V, da Portaria nº 1725, de 03 de agosto de 2001 (revogada pela Portaria MEC nº 30, de 27 de julho de 2007).

Para que o bolsista PROUNI possa contratar seu financiamento, a instituição de ensino deve aderir ao processo específico do FIES para tal, o que é facultivo.